TDDB77, Databaser och bioinformatik, 4 p, (Databases and bioinformatics)
Ämnesgrupp:
Datalogi C
Mål:
Kursen ger teoretiska och praktiska kunskaper om principer för lagring och återvinning av information i moderna biologiska databassystem som används inom bioinformatik.
Förkunskaper:
Grundkurs i programmering.
Organisation:
Föreläsningarna behandlar både teori och metodik. Under laborationerna utförs ett antal programmeringsuppgifter som illustrerar principerna för implementering och utnyttjande av en databas. Under projektet undersöks ett antal välkända biologiska databaser och implementeras ett system som integrerar informationen i dessa databaser.
Kursinnehåll:
Principer för lagring av information: text, semi-strukturerad data, datamodeller, regler. Text: grundläggande begrepp inom informationsåtervinning (information retrieval), konceptuella modeller, lagringsmodeller, sökmekanismer, rankning. Semi-strukturerad data: konceptuell modell, sökmekanismer. Datamodeller: relationsmodell, objektmodell, databaser. Principer för och använding av generella databashanteringssystem (DBMS). Metoder för datamodellering och databasdesign. Fysiska databasen. Databasspecifika datastrukturer. Frågespråk. Fleranvändarsystem: transaktioner, samtidighetskontroll, återställning. Integration av biologiska databaser.
Kurslitteratur:
Elmasri & Navathe, Fundamentals of Database Systems, Third or Fourth edition.
Examination:
TEN1, Skriftlig tentamen, 2 p.
LAB1, Laborationskurs, 2 p.
Tillbaka till: Per Erik Strandberg
Tillbaka till: Per Erik Strandbergs kurser
Gå tillbaka en sida.