TDDC12, Datavetenskapliga och matematiska metoder i bioinformatik, 5 p, (Computational and Mathematical Methods in Bioinformatics)

Ämnesgrupp:
Datalogi, datateknik C

Mål:
Kursen ger ett översikt över valda delar av bioinformatiken med ett fokus på datavetenskapliga och matematiska metoder.

Förkunskaper:
Grundläggande kunskaper inom cellbiologi (t.ex. TFBI15 Biologiska system eller TFBI10 Cellbiologi). Grundläggande kunskaper inom programmering. Databaser (t.ex. TDDB38 eller TDDB77)

Organisation:
Föreläsningarna behandlar både teori och metodik. I uppgiftsdelen tillämpas teorin och skrivs rapporter inom kursens område.

Kursinnehåll:
Metoder för lagring, hantering samt analys av biologisk data för användning av DNA analys och studier av proteiners struktur och funktion. Följande kan ingå: Biologiska databanker. Datamodellering. Principer för lagring: text, semi-strukturerad data, databaser. Databanksökning. Sekvensanalys och alignment. Mönster i DNA-sekvenser. Statistiska modeller för biologiska sekvenser. Modellering och förutsägelse av proteinstruktur och proteinveckning. Data mining. Teoretiska och matematiska modeller för biologiska processer. Visualisering. Fylogenetiska rekonstruktioner (släktträd).

Kurslitteratur:
Enligt litteraturlistan på kurshemsidan.

Examination:
UPG1, Inlämningsuppgifter, 5 p.

Tillbaka till: Per Erik Strandberg
Tillbaka till: Per Erik Strandbergs kurser
Gå tillbaka en sida.